外観は何の変哲もないごく普通の茅葺きの農家だが、屋敷のあちこちに、忍者屋敷ならではのしかけがある。案内役の女忍者が、仕掛け戸、もの隠しなどを身をもって説明してくれる。また、手裏剣投げやどんでん返しが体験できる「忍術体験広場」や、本物の忍具の展示・忍術の体験ができる「忍術体験館・忍者伝承館」も併設されている。伊賀の土豪屋敷を上野公園内に移築した博物館。